【Conda】用Conda管理Python环境

¶写在前面

• 把之前使用的Conda相关知识整理并系统学习一下捏

Conda管理Python环境

¶一、下载Conda

• Conda 分为 Anaconda 和 Miniconda
• Anaconda 是包含了许多常用库的完整版本
• Miniconda 则是精简版本（仅包含 conda、pip、zlib、python 以及它们所需的包）
• 其余库可通过 conda install 命令自行安装

¶适用平台

• Anaconda可以在以下系统平台中安装和使用：
  • Windows
  • macOS
  • Linux（x86 / Power8）

¶安装条件

• 系统要求：32位或64位系统均可
• 下载文件大小：约500MB
• 所需空间大小：3GB空间大小（Miniconda仅需400MB空间即可）

¶二、安装Conda

¶安装流程

• Install for：
  • 可以默认选All Users（required admin privileges）

• Advanced Options：
  • 第一个选项是将 Anaconda路径加入环境变量
  • 第二个是将 conda安装的 Python设为系统默认版本

¶安装后验证

• 安装完成后，验证安装结果

  • 方法一：

    “开始 → Anaconda Navigator，若可以成功启动Anaconda Navigator则说明安装成功。

  • 方法二：

    “开始 → Anaconda3（64-bit）→ 右键点击Anaconda Prompt → 以管理员身份运行，在Anaconda Prompt中输入 conda list ，可以查看已经安装的包名和版本号。若结果可以正常显示，则说明安装成功

¶升级Conda

conda update conda

¶三、添加镜像源

¶国内镜像源

• 为了提高下载速度，可以添加国内镜像源

• 添加常用镜像源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

• 国内提供Conda镜像的大学：
  • 清华大学: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
  • 北京外国语大学: https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
  • 南京邮电大学: https://mirrors.njupt.edu.cn/
  • 南京大学: http://mirrors.nju.edu.cn/
  • 重庆邮电大学: http://mirror.cqupt.edu.cn/
  • 上海交通大学: https://mirror.sjtu.edu.cn/
  • 哈尔滨工业大学: http://mirrors.hit.edu.cn/#/home

¶查看已添加的channels

conda config --get channels

¶Windows 用户需通过指令生成 .condarc 文件

conda config --set show_channels_urls yes

¶恢复默认镜像源

conda config --remove-key channels

¶四、创建 / 删除环境

¶创建指定Python版本的虚拟环境

conda create -n env_name python=3.10

¶查看现有环境

conda env list

¶删除环境

conda remove -n env_name --all
conda env remove -n env_name

¶重命名环境

conda create -n new_env_name --clone old_env_name

¶进入和退出环境

# 进入
conda activate env_name
# 退出
conda deactivate

¶五、在Conda环境内使用pip安装

• 进入指定环境后使用pip安装包

conda activate env_name
conda install numpy=1.93
pip install numpy==1.93
conda deactivate

¶六、安装 / 删除命令

¶安装软件包

conda install gatk
conda install gatk=3.7
conda install -n env_name gatk

¶搜索软件包

conda search gatk

¶查看已安装的库

conda list
conda list -n env_name

¶更新指定库

conda update gatk
conda update -all

¶删除环境中的某个库

conda remove --name env_name gatk

¶七、卸载Conda

¶清理

rm -rf /opt/anaconda3

¶删除环境变量

• 删除~/.bash_profile中anaconda的环境变量

¶删除Anaconda可能存在的隐藏文件

rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

¶八、迁移Conda环境

¶打包环境

conda pack -n env_name -o environment.tar.gz

¶报错“No command ‘conda pack’”

• 尝试安装

conda install -c conda-forge conda-pack

¶解压环境

mkdir environment
tar -xzvf environment.tar.gz -C environment

¶九、解决CondaHTTPError问题

1. 添加国内镜像源
2. 升级现有库

conda update --all